Färgen på magsyra är inte en tillförlitlig indikator på dess hälsa eller sammansättning. Magsyra är vanligtvis klar eller svagt gul till färgen på grund av närvaron av saltsyra, som är färglös. Däremot kan färgen på magsyra variera beroende på förekomsten av andra ämnen, såsom matpartiklar, galla eller blod, vilket kan få det att se grönt, brunt eller rött ut.