Magcancer kan börja i vilken del av magen som helst, men den börjar oftast i magslemhinnan. Magslemhinnan består av flera lager av celler, inklusive slemhinneskiktet, submukosalskiktet och muscularisskiktet. Magcancer kan börja i vilket som helst av dessa lager, men det börjar oftast i slemhinnan.