Allergier klassas inte som autoimmuna sjukdomar eftersom de inte innebär att immunförsvaret angriper kroppens egna vävnader. Autoimmuna sjukdomar uppstår när immunsystemet av misstag identifierar friska celler som främmande och attackerar dem. Allergier uppstår å andra sidan när immunförsvaret överreagerar på ofarliga ämnen i miljön, som pollen, damm eller vissa livsmedel. Även om allergier kan orsaka betydande symtom och obehag, involverar de inte att immunsystemet angriper kroppens egna vävnader, vilket är det avgörande kännetecknet för autoimmuna sjukdomar.