Hemangiom kan förekomma i inre organ, men de är mycket mindre vanliga än kutana (hud) hemangiom. De kan involvera levern, mjälten, lungorna, hjärnan och andra organ. Inre hemangiom kan orsaka allvarliga kliniska manifestationer beroende på deras placering och storlek. De kan orsaka funktionsnedsättning, blödning, trombos, kompression av intilliggande strukturer och andra symtom beroende på skadans plats och storlek.