Vilken del av hjärnan som drabbas av epilepsi beror på typen av anfall och den bakomliggande orsaken. I allmänhet orsakas anfall av onormal elektrisk aktivitet i hjärnan. Denna aktivitet kan förekomma i vilken del av hjärnan som helst, men den börjar oftast i tinningloberna, som finns på sidorna av hjärnan. Vid temporallobsepilepsi kan anfallen orsaka en mängd olika symtom, inklusive förändringar i humör, beteende och minne. Andra delar av hjärnan som kan påverkas av epilepsi inkluderar frontalloberna, parietalloberna och occipitalloberna. Anfall som börjar i pannloberna kan orsaka förändringar i personlighet, beteende och rörelse. Anfall som börjar i parietalloberna kan orsaka svårigheter med språk, rumslig medvetenhet och uppmärksamhet. Anfall som börjar i nackloberna kan orsaka synstörningar.