Den vanligaste orsaken till Cri du Chats syndrom är en deletion, eller förlust, av genetiskt material från den korta armen på kromosom 5 (5p). Denna deletion kan ske antingen spontant eller som ett resultat av en kromosomal translokation. Vid spontan deletion går det genetiska materialet förlorat under celldelningen. I fall av translokation överförs det genetiska materialet från kromosom 5 till en annan kromosom, vilket resulterar i en förlust av genetiskt material från kromosom 5.
Storleken på deletionen kan variera, och större deletioner är förknippade med allvarligare symtom på Cri du Chat-syndrom. Raderingen kan också påverka olika gener, vilket kan leda till olika symtom. Förutom deletionen kan andra kromosomavvikelser, såsom duplikationer eller inversioner, också orsaka Cri du Chat-syndrom. Dessa avvikelser är mycket mindre vanliga än raderingen.
