Hur är hicv och relaterade?

Dessa tekniker mäter frekvensen av fysiska interaktioner mellan olika regioner av genomet, vilket ger insikter i högre ordningens kromatinstruktur och långväga regulatoriska interaktioner. Här är några vanliga Hi-C och relaterade tekniker:

1. Hi-C (High-throughput chromatin conformation capture):

Detta är den ursprungliga och mest använda Hi-C-tekniken. Det involverar tvärbindning av interagerande kromatinsegment, fragmentering av DNA:t och sedan ligering av DNA-fragmenten tillsammans. De ligerade fragmenten sekvenseras sedan och de resulterande data används för att generera en genomomfattande interaktionskarta.

2. 5C (infångning av cirkulär kromosomkonformation):

Denna teknik liknar Hi-C men använder en annan biblioteksberedningsmetod som resulterar i cirkulära DNA-fragment. Cirkularisering möjliggör effektivare infångning av långväga interaktioner och kan ge högre upplösningsdata i vissa regioner av genomet.

3. ChIA-PET (kromatininteraktionsanalys genom parad-änd-taggsekvensering):

Denna teknik kombinerar kromatinimmunfällning (ChIP) med Hi-C för att identifiera de långväga interaktioner som är associerade med specifika proteiner eller histonmodifieringar. Det kan användas för att kartlägga interaktionerna mellan specifika transkriptionsfaktorer eller andra regulatoriska proteiner med deras målgener.

4. PLAC-seq (Proximity ligation-assisted chromatin sequencing):

Denna teknik använder närhetsligering för att fånga interagerande DNA-fragment före sekvensering. Det möjliggör detektering av interaktioner med en högre upplösning jämfört med traditionella Hi-C-metoder och kan ge information om orienteringen av interagerande sekvenser.

5. Fånga Hi-C:

Denna teknik använder biotinylerade RNA-sonder för att berika för interaktioner mellan specifika genomiska regioner av intresse. Genom att designa prober som riktar sig mot specifika loci möjliggör Capture Hi-C målinriktad analys av genomiska interaktioner på ett regionspecifikt sätt.

Var och en av dessa tekniker ger värdefull information om den tredimensionella organisationen av genomet och har bidragit till vår förståelse av genreglering, kromatindynamik och nukleär arkitektur. Valet av teknik beror ofta på den specifika forskningsfrågan och önskad nivå av upplösning och kartläggning.