De allra flesta fall av viral myokardit försvinner helt, med återhämtning av normal hjärtfunktion. Prognosen är generellt god och de flesta återhämtar sig helt. Men i sällsynta fall kan myokardit leda till allvarliga komplikationer, såsom hjärtsvikt, arytmier och plötslig hjärtdöd. Återhämtningstiden varierar beroende på infektionens svårighetsgrad och individens allmänna hälsa. Mild myokardit går vanligtvis över inom några veckor, men svårare fall kan ta flera månader eller till och med ett år att läka helt.
