Sjukdomarna som härjade i resterna av Inkariket efter kontakt med de spanska conquistadorerna på 1500-talet inkluderar smittkoppor, mässling, influensa, tyfus och gula febern. Dessa sjukdomar var förödande för den infödda befolkningen eftersom de nästan inte hade någon tidigare exponering för dessa sjukdomar och därför liten naturlig immunitet.