Mekanisk matsmältning initierar matsmältningsprocessen genom att fysiskt bryta ner maten till mindre partiklar. Tuggande verkan av tänderna, kurrande sammandragningar i magen och segmentering av tunntarmen bidrar alla till mekanisk matsmältning. När maten bryts ned mekaniskt tar den kemiska nedbrytningen över. Enzymer som utsöndras av spottkörtlarna, magen, bukspottkörteln och tunntarmen börjar bryta ner matens komplexa molekyler till enklare. Amylas bryter ner kolhydrater, proteas bryter ner proteiner och lipas bryter ner fetter. Dessa enzymer bryter ner matmolekylerna till mindre och mindre komponenter tills de är tillräckligt små för att absorberas av kroppen.