Slutprodukterna av proteinnedbrytning är aminosyror. Proteiner är stora molekyler som består av kedjor av aminosyror. Under matsmältningen bryts dessa proteiner ner till mindre och mindre peptider av enzymer som kallas proteaser. Dessa peptider bryts sedan ytterligare ned till individuella aminosyror av andra enzymer som kallas peptidaser. Aminosyrorna tas sedan upp i blodomloppet och används av kroppen för att bygga nya proteiner eller för andra metaboliska processer.