Enzymet som fullbordar nedbrytningen av proteiner är peptidas. Peptidaser är en klass av enzymer som bryter ner proteiner till mindre peptider och slutligen till individuella aminosyror. De fungerar genom att hydrolysera peptidbindningarna som länkar samman aminosyror i proteinkedjan. Peptidaser finns i matsmältningssystemet hos djur och växter och är också involverade i en mängd andra biologiska processer, såsom blodpropp och immunsvar.