En matsmältningssäck som inte är relaterad till andra endomembranstrukturer kallas en lysosom. Lysosomer är små organeller som finns i cytoplasman hos djurceller. De är membranbundna vesiklar som innehåller hydrolytiska enzymer som kan bryta ner olika biomolekyler, inklusive proteiner, kolhydrater, lipider och nukleinsyror. Lysosomer fungerar i intracellulär matsmältning, avfallshantering och återvinning av cellulära komponenter. De spelar en avgörande roll för att upprätthålla cellulär homeostas och ta bort skadade eller onödiga cellulära material. Till skillnad från andra endomembranstrukturer involverade i syntes, modifiering och transport av molekyler, är lysosomer specialiserade på intracellulär nedbrytning och återvinning.