Enzymet som finns i magsaft som smälter proteiner är pepsin. Pepsin är ett proteasenzym som utsöndras av huvudcellerna i magkörtlarna i magen. Det är aktivt i den sura miljön i magen och bryter ner proteiner till mindre peptider. Pepsin är särskilt viktigt för matsmältningen av kött och andra animaliska produkter. Det fungerar tillsammans med andra enzymer, såsom saltsyra, för att bryta ner de komplexa proteinerna till mindre molekyler som lättare kan tas upp av kroppen.