Jaguarer, som alla däggdjur, har många muskler i hela kroppen som möjliggör rörelse och olika kroppsfunktioner. Medan det exakta antalet muskler i en jaguar kan variera baserat på anatomiska klassificeringsmetoder, tyder en allmän uppskattning på att det finns cirka 639 skelettmuskler i en jaguars kropp. Dessa muskler är ansvariga för en rad rörelser, inklusive promenader, löpning, klättring, jakt och sociala beteenden som uppvaktning och territoriella uppvisningar.