Det finns tre vanliga orsaker till hypotyreos. Hashimotos tyreoidit är ett kroniskt autoimmunt tillstånd där kroppens immunförsvar av misstag attackerar sin egen sköldkörtel. Graves sjukdom är en annan autoimmun sjukdom som orsakar inflammation i sköldkörteln och ibland kan övergå till hypotyreos efter behandling eller spontant. Postpartum tyreoidit är den sista, som inträffar några månader före eller efter förlossningen, och även om den vanligtvis åtgärdar sig själv på några månader eller år, går den ibland över till permanent hypotyreos som kräver en livslång behandling.