Malaria orsakas av en protist. Specifikt orsakas det av en protozoisk parasit av släktet Plasmodium. Det finns fem arter av Plasmodium som kan orsaka malaria hos människor:P. falciparum, P. vivax, P. ovale, P. malariae och P. knowlesi. Den vanligaste och mest dödliga arten är P. falciparum som är ansvarig för över 90 % av malariafallen i världen.