Medan läkare använder mikroskop som en del av sina diagnostiska procedurer, litar de inte enbart på dem för att avgöra om någon är frisk. Mikroskopi är ett verktyg som gör att läkare kan undersöka prover som tagits från kroppen, såsom blod-, urin- eller vävnadsbiopsier, på mikroskopisk nivå. Det kan hjälpa till att identifiera närvaron av mikroorganismer som bakterier, virus eller parasiter, såväl som onormala celler eller andra strukturella förändringar som kan tyda på sjukdomar eller tillstånd.
Dessutom kombinerar läkare ofta mikroskopiska observationer med andra diagnostiska metoder som blodprov, avbildningstekniker och patienthistoria för att dra välgrundade slutsatser om en persons hälsa. Genom att integrera olika informationskällor kan läkare ge korrekta diagnoser och lämpliga behandlingar för sina patienter.