Hjärnabscesser orsakas vanligtvis av spridning av bakterier eller andra mikroorganismer från en annan kroppsdel, såsom bihålor eller öron, till hjärnan. Tandköttssjukdom (periodontal sjukdom) är vanligtvis inte en orsak till hjärnabscesser. Däremot kan allvarliga tandköttssjukdomar leda till andra hälsoproblem, såsom hjärt-kärlsjukdom och stroke, vilket kan öka risken för att utveckla en hjärnabscess.