Historien om encefalit går tillbaka till antiken. Det finns beskrivningar av encefalitliknande sjukdomar i skrifterna av Hippokrates (460-377 f.Kr.) och Galenos (129-216 e.Kr.). Men det var inte förrän på 1800-talet som hjärninflammation erkändes som en distinkt klinisk enhet. Det första stora utbrottet av hjärninflammation inträffade i USA 1918, under den spanska sjukan. Detta utbrott orsakades av influensaviruset och ledde till att över 500 000 människor dog. Under åren som följde rapporterades andra utbrott av hjärninflammation runt om i världen, och det blev tydligt att hjärninflammation kunde orsakas av en mängd olika virus, bakterier och andra smittämnen.
